一台服务器上，多个模板的解决办法？

总感觉有问题：我公司现在成这样子了：网站有两个模板，一模一样，一个用来自然优化，一个用来做百度推广（因为要算百度的推广转化率）。同时放在一个服务器上。这个服务器上还有多个旧的代理模板，是多个。。这样会生产重复内容，而且在百度网站后台就能看到他们把这些东西的全与不好全算到我主网站上面了，纠结的不行。。遇到这样的问题应该如何处理？请教下，我的意思是把代理和百度的推广全给屏蔽了，不知道可以不？如果不屏蔽会有什么影响啊？

多个模板 神马意思？？？？？一套系统一次性还可以启用多个模板？？ 有点神奇的网站~~~